Der erste Jakobsweg in Bayern wurde 1995 von Nürnberg nach Rothenburg o.d.T. ausgewiesen. Inzwischen gibt es ein weitgehend flächendeckendes Netz in Bayern. Durch die Erweiterung des Netzes nach Norden und Osten ist Bayern auch ein Transitland, insbesondere für Osteuropäer.

Ein wichtiger Meilenstein für die Weiterentwicklung und verbesserte Koordination des bayernweiten Jakobswegenetzes war das LEADER-Kooperationsprojekt „Jakobswege in Bayern“. Beteiligt sind 46 Partner, davon  35 Lokale Aktionsgruppen. Unterstützt wird das Projekt darüber hinaus auch von der Evangelischen Landeskirche, den Diözesen Eichstätt und Würzburg, den Jakobusgesellschaften in Augsburg, Bamberg und Würzburg, den Pilgerbüros in Eichstätt, Bamberg und Augsburg sowie dem Bayerischen Pilgerbüro mit Sitz in München.

Zum Projekt gehören die einheitliche Beschilderung der Jakobuswege, die Ausbildung von Pilgerbetreuern und eine hilfreiche Öffentlichkeitsarbeit, unter anderem durch ein eigenes Internetportal.